Amigo, isso acontece por que seu speedr usa somente a rota padrão (default) sendo assim, use o sistema ECMP (Equal Cost Multi-Path) Routing ao inves de adicionar uma rota para cada pppoe la em route no mikrotik... vc criara somente uma rota e dentro dessa rota adicione os dois pppoes....se acaso uma adsl tiver maior capacidade repita a rota para a mesma.. assim fara com que sai 2 vezes mais na maior q na menor...
vc não precisará mais marcar rota no mangle...
simplesmente deixe sem marcas... o proprio mikrotik ira balancear...
agora em questão dos sites de banco...vc fara da seguinte forma:

em mangle add:

ip route add action=mark-connection chain=prerouting comment=\"Conexao Bradesco\" \
dst-address=200.155.0.0/16 new-connection-mark=bradesco protocol=tcp
add action=mark-packet chain=prerouting comment=\"Pacotes Bradesco\" \
connection-mark=bradesco dst-address=200.155.0.0/16 new-packet-mark=\
bradesco protocol=tcp
add action=mark-routing chain=prerouting comment=\"Rota Bradesco\" \
connection-mark=bradesco dst-address=200.155.0.0/16 new-routing-mark=\
bradesco packet-mark=bradesco passthrough=no protocol=tcp
e em route

add uma rota para uma adsl somente, em routing mark coloque a marca de rota que marcou no mangle... assim forçara os sites que tem essa marca a sairem somente por uma adsl, evitando problemas!

Espero que consiga , poste os resultados ok
um abraço!