Olá, Na nova versão do sistema (Build 122) você poderá fazer filtro das cobranças pela data de pagamento, tendo assim o relatório de cobranças pagas num determinado mês.

Para descontar a tarifa bancária na baixa, basta habilitar essa função no aplicativo Configurações do Sistema, que no momento que o pagamento for processado ele vai inserir no Fluxo de Caixa descontando a taxa bancária.

Para atualização de data de vencimento e valores de juros diretamente no sistema você deve estar trabalhando com boletos não registrados, basta habilitar a função. Para boletos registrados será necessário orientar seu cliente para gerar a segunda via direto no site do banco. Essa orientação pode ser inserida no seu Hotsite e nas linhas de instruções do boleto.

Recomendo que atualize seu servidor para a Build 122 para receber as últimas novidades do sistema.